Etude de faisabilité d'un observatoire des migrateurs amphihalins en mer

Mise en ligne : 
22/11/2017
Type d'offre : 
Emploi
Type de contrat : 
Autres
Stage
Date limite de dépôt de candidature : 
31/12/2017
Lieu du poste : 
Dinard
Département : 
Ille-et-Vilaine
Région : 
UMS 2006 Patrimoine Naturel
Recruteur : 
Partenaire
Description du poste : 

MASTER 2 Pro / Ingénieur
Proposition de sujet de stage 2017/18
 
Etude de faisabilité d’un observatoire des migrateurs amphihalins en mer :
Etat des connaissances biologiques et de la réglementation en cours, récolte et analyse des données, mise au point méthodologique.
 
(1)   Mots clés  : espèces amphihalines, migrateurs, milieu marin, état des connaissances, réglementation, analyse de données, traits de vie, cadre méthodologique
(2)   Laboratoires d’accueil et lieux de stage : Station Marine de Dinard (CRESCO, MNHN)
 
Responsables du stage :  Acou Anthony (Dr), UMS MNHN/AFB/CNRS Patrinat, Station marine de Dinard
Beaulaton Laurent (Dr), Pole INRA/AFB Gest’Aqua Rennes
Trancart Thomas (Dr), UMR BOREA, Station marine de Dinard, MNHN Feunteun Eric (Pr.), UMR BOREA, Station marine de Dinard, MNHN
 
Equipe d’accueil : Station marine de Dinard
Organisme de rattachement : Muséum National d’Histoire Naturelle (UMS Patrinat)
 
(4) Descriptif du sujet de stage
 
Contexte
Les espèces amphihalines présentent la particularité d’effectuer au cours de leur cycle de vie des migrations
entre eau douce et milieu marin. En France métropolitaine, deux catégories d’amphihalins sont présentes : les espèces anadromes qui effectuent la majorité de leur croissance en mer et se reproduisent en eau douce (e.g. les  aloses, l’esturgeon,  les  lamproies,  les  éperlans  et  les  salmonidés), et les  catadromes  qui,  à l’inverse, effectuent l’essentiel de leur croissance en eau douce et se reproduisent en mer (l’anguille, mulets, flets).
 
L’écologie des espèces amphihalines au cours de la phase continentale (eau douce) est relativement bien documentée. Cela, grâce aux nombreux suivis (pêches électriques, captures au filet, piégeage, comptage visuel, échosondage, vidéo-comptage, etc.) réalisés en France depuis plus de 20 ans et qui permettent l’acquisition de données à long-terme sur la distribution, l’abondance, les caractéristiques biométriques et démographiques dans les cours d’eau français. A l’opposé, les phases marines et, dans une moindre mesure estuariennes, des amphihalins sont à ce jour extrêmement mal connues. D’une part parce que ce sont des espèces difficiles à capturer avec les engins classiquement utilisés en mer, et/ou elles ont une faible valeur halieutique (elles sont généralement remises à l’eau sans avoir été enregistrées comme capture accidentelle).
 
Ainsi, les connaissances disponibles actuellement et les mesures de gestion prises depuis les années 80 pour restaurer  ces  populations  globalement  fragilisées  voire  menacées  d’extinction  concernent principalement le milieu continental. Dans ce contexte, l’amélioration des connaissances sur les phases marines des amphihalins revêt une importance tant scientifique que dans le cadre de la mise en œuvre des politiques publiques de leur conservation telles que la Directive Cadre Stratégie Milieu Marin (DCSMM) qui prévoit une évaluation de l’état écologique des amphihalins dans les quatre sous-régions marines françaises métropolitaines (Manche – Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne, Méditerranée Occidentale).
 
Objectifs du stage
L’objectif du stage est de jeter les bases d’un observatoire des migrateurs amphihalins en mer. Pour cela, le stagiaire devra :

i)             faire un état des lieux des connaissances et de la réglementation sur les amphihalins en vigueur dans les eaux marines françaises métropolitaines dans le but de cibler les sources de données disponibles (déclarations de captures obligatoires auprès de la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture)
 
ii)            cibler et le cas échéant récolter des données auprès de différentes sources telles que les campagnes halieutiques de l’Ifremer (IBTS, CGFS, EVHOE, etc.), le suivi Obsmer (Pêcheurs professionnels / DPMA / Ifremer) basé sur des observateurs embarqués sur des navires commerciaux (Trancart et al., 2013), les suivis des Parcs marins et/ou les suivis des grands pélagiques (e.g. requins pèlerins) pour la spatialisation des occurrences de lamproies en mer. Il pourra également proposer des types de suivis qui pourront venir compléter les données existantes, comme par exemple les enquêtes auprès des pêcheries/criées, des suivis d’ADN environnemental.
 
iii)           En parallèle, le stagiaire devra mener une réflexion sur le cadre méthodologique de l’observatoire : quels sont les indicateurs nécessaires et pertinents pour l’observation des amphihalins en mer (distribution, abondance, traits de vie, etc.) ? En fonction des données disponibles, il pourra tenter en première approche, un premier développement pour une ou plusieurs espèces et/ou une ou plusieurs sous-régions marines.
 
 
Références
Acou A., Lasne E., Réveillac E., Robinet T. & Feunteun E. (2013). Programme de connaissance Natura2000 en mer : les habitats marins des espèces amphihalines. Evaluation de la cohérence du réseau Natura2000 en mer pour la grande alose (Alosa alosa), l’alose feinte (A. fallax sp.), la lamproie marine (Petromyzon marinus) et la lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis). Rapport scientifique préliminaire du Muséum National d’Histoire Naturelle, Stations marines de Dinard et Concarneau. 154 pages + annexes. doi: 10.13140/RG.2.1.1841.1921. disponible sur : https://www.researchgate.net/publication/301558651
Lasne E., Rigaud C., Acou A., Réveillac E., Carpentier A., Baglinière J.-L., Roussel J.-M. & Feunteun E. (2011). Compte rendu du premier séminaire GRISAM sur la thématique « Poissons migrateurs amphihalins et milieux marins », 22-23 Février 2011. Rapport MNHN, Station marine de Dinard. 33 pages + annexes. Disponible sur : https://www.researchgate.net/publication/301558622.
Lassalle H., Béguer M., Beaulaton L. & Rochard E. (2008). Diadromous fish conservation plans need to
consider global warming issues: An approach using biogeographical models. Biological Conservation, 141(4):
1105-1118. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2008.02.010
Trancart, T., Rochette, S., Acou, A., Lasne, E. & Feunteun, E. (2014) Modeling marine shad distribution using data from French bycatch fishery surveys. Marine Ecology Progress Series, 511, 181–192. doi:10.3354/meps10907
Thiriet P., Acou A., Artero C., Feunteun E. (en préparation). Evaluation DCSMM 2018 de l’état écologique des
poissons et céphalopodes de France métropolitaine : Rapport scientifique du co-pilotage MNHN D1-PC. Muséum
National d’Histoire Naturelle, Service des stations marines de Dinard.
 
Rétribution: Le montant horaire de la gratification est fixé à 15% du plafond horaire de la sécurité sociale défini en application de l’article L.241-3 du code de la sécurité sociale (soit environ 554,40 euros/mois sur la base d’un temps plein).
 
Date et durée: 6 à 7mois, idéalement à partir de janvier.
 
Profil du stagiaire recherché:
 
•    Formation initiale souhaitée : Master 1 avec des bonnes bases en Ecologie
 
•    Goût pour le travail en équipe, dynamique et mobile (permis A souhaité)
 
•    Maitrise des méthodes et outils pour réaliser un état des connaissances
 
•    Esprit de synthèse, très bonne capacité rédactionnelle

•    Bonne connaissance de l’Environnement R et des logiciels d’analyse spatiale (SIG)

Coordonnées : 
Procédure de candidature : Pour répondre à cette offre de stage, envoyer un CV, une lettre de motivation et vos notes de licence 3 et master 1 ainsi que votre rapport de master 1 aux personnes ci-après : Anthony Acou (acou@mnhn.fr), Laurent Beaulaton (laurent.beaulaton@afbiodiversité.fr), Thomas Trancart (trancart@mnhn.fr) et Eric Feunteun (feunteun@mnhn.fr). Indiquer en objet de courriel : « Candidature Stage M2 Observatoire Amphihalins en mer ». Un entretien (physique et/ou par skype) sera demandé pour les candidats sélectionnés.

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