Un(e) ingénieur(e) « données et métadonnées scientifique du PNDB »

Mise en ligne : 
11/06/2019
Type d'offre : 
Emploi
Type de contrat : 
CDD
Date limite de dépôt de candidature : 
30/06/2019
Lieu du poste : 
Paris / Concarneau
Département : 
Finistère
Paris
UMS 2006 PatriNat (AFB, CNRS & MNHN)
Recruteur : 
Partenaire
Description du poste : 

UMS 2006 Patrimoine Naturel
Centre d’expertise et de données sur la nature
AFB-CNRS-MNHN
 
 
Le MNHN recrute :
Ingénieur.e  « données et métadonnées scientifique du PNDB»
 
 
PRÉAMBULE
L’UMS 2006 Patrimoine Naturel (UMS PatriNat) - co-habilitée par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Agence française pour la biodiversité (AFB) et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) – a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité.

Au sein du MNHN, l’UMS PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement du Muséum (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l’environnement passé et actuel. Cette expertise et l’ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d'informations et à l'application de ces connaissances pour l'appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.
 
CONTEXTE
En 2018, le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation a inscrit sur sa feuille de route la création d’une nouvelle infrastructure intitulée Pôle National de données de biodiversité (PNDB).
Les missions du PNDB s’inscrivent dans une approche FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), et consistent à :
1. fournir un accès aux jeux de données et de métadonnées, à des services associés et à des produits dérivés des analyses ;
2. promouvoir l’animation scientifique pour identifier les lacunes et favoriser l’émergence de dispositifs portés par des communautés d’utilisateurs et producteurs ;
3. faciliter le partage des pratiques avec les autres communautés de recherche, favoriser le partage des données et leur réutilisation, s’insérer dans la réflexion de la future infrastructure Système Terre.
4. favoriser la cohérence avec les efforts nationaux, européens et internationaux relatifs à l’accès et à l’exploitation des données de recherche sur la biodiversité, à la promotion de produits et services.
Pour atteindre ces objectifs, le PNDB se propose de :

  • S’appuyer et relier les initiatives existantes (SINP-INPN-GBIF, ex-Ecoscope, CESAB) et sources de données pour mutualiser les expertises, favoriser l’interopérabilité, l’ouverture, l’accès, la réutilisation des données ; et stimuler des projets de recherche collaboratifs ;
  • Développer la description fine des jeux de données pour les contextualiser ; optimiser le moissonnage et l’accès aux métadonnées par le portail commun ;
  • Favoriser la priorisation et le développement d’outils, services, produits et référentiels -et l’expertise attachée - ; en réaliser la diffusion, soutenir la formation ;
  • Favoriser les complémentarités des producteurs et utilisateurs de données par une approche intégrée : données d’observation, expérimentation, collection, modélisation ; in situ et télédétection ;
  • Poursuivre l’animation sur les variables mesurées (dont les EBVs) des gènes aux écosystèmes afin de progresser dans la standardisation et l’identification d’autres variables.
  • Établir, avec les autres pôles, un accès facilité aux données environnementales et porter des actions relevant de l’interdisciplinarité (santé, SHS) ;
  • Poursuivre les activités internationales et devenir, le cas échéant, la composante d’une IR européenne.
  • Veiller à la synergie avec des systèmes d’information destinés à l’expertise et l’appui aux politiques publiques, notamment le Système d’Information sur la Biodiversité (SIB) porté par l’Agence Française pour la Biodiversité (AFB).

 
Le PNDB est porté par le Muséum national d’Histoire naturelle, plus particulièrement par l’UMS 2006 PatriNat, unité MNHN CNRS et AFB. Le projet est en lien étroit avec la FRB et plusieurs de ses institutions fondatrices (AFB,  BRGM, CIRAD, CNRS, Ifremer, INERIS, INRA, IRD, IRSTEA, MNHN, Univ. Montpellier). Une première étape de recueil des besoins et de définition de cahier des charges est en cours de finalisation et une phase de développement opérationnel débute. Cette première étape de développement se propose de traiter des problématiques liées à la structuration des données et métadonnées qui seront mises à disposition par une version préliminaire du portail PNDB dès la fin de l’année.
 
DESCRIPTION DES MISSIONS
Dans le cadre de la mise en place d’une preuve de concept d’infrastructure virtuelle de recherche, l’ingénieur aura pour missions de :
1.  Poursuivre l’état des lieux en cours des systèmes de gestion de données de biodiversité à l’échelle nationale

  • Les standards de métadonnées utilisés au niveau des systèmes d’informations des infrastructures de recherche en biodiversité du système terre et environnement (ANAEE-FR, Recolnat, eLTER-Fr, CRB RARE, TEMPO, EMPHASIS-FR, EMBRC-FR, IBISBA-FR)
  • Standards de métadonnées promu par les organismes de recherche partenaires du PNDB (INRA/IRD/CIRAD/IFREMER…).
  • Proposer une cartographie des systèmes existants et l’intégration dans le PNDB
  • Proposer un standard « pivot de métadonnées respectant la diversité des standards existant et permettant une capture détaillée »

2. Veiller à l’articulation entre le système de gestion de métadonnées du PNDB et celui du Système d’Information sur la Biodiversité (SIB) qui est également mis en place au sein de l’UMS PatriNat.
- Organiser les échanges des métadonnées entre les deux systèmes de gestion
- Analyser/proposer la mutualisation de briques techniques ou fonctionnels des systèmes
- Proposer la mise en place de services et produits partagés (formation, appui, valorisation…)
3. Développer des services préliminaires de type portail de métadonnées et outil de saisie de métadonnées notamment en spécifiant les éléments constitutifs
4. Participer aux activités d’animation sur l’ensemble du territoire français
5. Travailler en liens étroits avec l’équipe GBIF France qui mène déjà des actions de ce type afin de s’assurer de la complémentarité et mutualisation des actions.
 
Partenaires internes : Equipes PatriNat, autres unité du MNHN, DSOD/AFB
 
Partenaires externes : CNRS, FRB, Etablissement de recherche, MESRI
 
CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES
Diplômé(e) d’un Master, d’une école ou de l’université dans le domaine de la bio-informatique / informatique et/ou des sciences de la vie, vous avez la culture du service à l’utilisateur. 

Vous appréciez travailler en équipe et souhaitez mettre à profit votre expérience au sein d’une équipe PNDB dynamique en plein développement.
 
QUALIFICATIONS REQUISES

  • Connaissance en gestion de données et métadonnées en sciences de la vie, environnement et santé
  • Expérience dans la gestion et le traitement de données et métadonnées en écologie
  • Expérience opérationnelle dans la manipulation ou gestion de données et métadonnées
  • Connaissance souhaitée du langage R, de la création de packages R et du développement d’applications R Shiny
  • Un intérêt pour le domaine d’application, l’écologie, et une expérience dans l’utilisation de standards comme l’EML (Ecological Metadata Language) et outils associés (Metacat, morpho, …)
  • Connaissance de l’utilisation de vocabulaires contrôlés, d’ontologies de domaine (BioPortal) et de technologies du web sémantique (RDF, Sparql, virtuoso, …) seront un gros plus.

 
MODALITÉS DE RECRUTEMENT
Type de contrat : CDD de droit public
Durée : 1 an (renouvellement possible)
Rémunération : Fonction expérience et diplôme
Date de prise de fonction : à partir du 1er septembre
Lieu : Paris (de préférence) ou Concarneau (avec déplacement deux à trois par mois à Paris)
 
 

Coordonnées : 
PROCÉDURE DE RECRUTEMENT Le dossier de candidature est à envoyer avant le « 30 Juin 2019 » à : recru-patrinat@mnhn.fr avec la mention : « donnée et métadonnées scientifique du PNDB». Ce dossier comprendra : - un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles d'éclairer le jury ; - une lettre de motivation. Pour toute précision, les candidats sont invités à prendre contact au préalable avec : Chef de projet PNDB : Yvan Le Bras yvan.le-bras@mnhn.fr

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