Ce site est intégré au réseau de réserves naturelles régionales (RNR) pour la protection des chiroptères et de leur habitat.
Surplombant la vallée de la Loue, la réserve naturelle des Grottes de Chenecey se compose de cavités karstiques naturelles et de pelouses sèches en mosaïque avec des taillis. Si les pelouses sèches présentent des intérêts botaniques et entomologiques forts, cette réserve a été créée principalement pour la préservation de deux cavités naturelles réparties sur deux secteurs géographiques distincts, sur la commune de Chenecey-Buillon :
- la Grotte à l’Ours, au lieu-dit les Roches;
- le Gouffre des Granges Mathieu, au lieu-dit des Granges Mathieu.
Cette réserve naturelle a connu deux étapes de classement. Le 17 novembre 2017, un premier périmètre de 8,13 ha protégeant la Grotte à l’Ours, sur le secteur des Roches, avait été institué par une délibération du Conseil Régional de Bourgogne-Franche-Comté. Le 12 décembre 2025, ce périmètre a été étendu à 21,35 ha, incluant désormais le Gouffre des Granges Mathieu, ainsi que deux petites parcelles sur le lieu-dit des Roches qui n’étaient pas intégrées au périmètre initial de 2017.
Une vingtaine d’espèces, ou groupes d’espèces, de chauves-souris fréquentent actuellement ces cavités, avec la prédominance de plusieurs espèces sensibles au niveau franc-comtois :
- Grotte à l’Ours: Dans les années 50, les données de baguage indiquent que d’importantes colonies de mise-bas de Rhinolophe euryale (Rhinolophus euryale) fréquentaient cette cavité. En transit, les effectifs de cette espèce pouvaient atteindre 350 individus, formant de grosses colonies mixtes avec le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii). Les suivis chiroptérologiques ont montrés de fortes baisses d’effectifs au début des années 2000 sur toutes les espèces fréquentant la grotte. La signature d’une convention et la pose d’une barrière physique en 2005 a permis de retrouver une fréquentation automnale et hivernale pour les trois espèces de rhinolophidés, ainsi que lors du transit du Minioptère de Schreibers.
- Gouffre des Granges Mathieu : cette cavité est un ancien site de mise-bas du Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii). Actuellement, il héberge une importante colonie de Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) en hiver et en période de transit.
Le milieu souterrain est fragile et toute modification même minime du biotope est à éviter. La fréquentation humaine dans les sites d’hibernation ou d’estivage est responsable de la mortalité d’individus, ou de leur report vers d’autres sites moins favorables. En conséquence l’accès aux parties souterraines est :
- pour la Grotte à l’Ours : autorisé à pied uniquement entre le 1er avril et le 31 août, après autorisation des propriétaires. Le reste de l’année, l’accès à la grotte est interdit au public. Pour solliciter une autorisation d’accès, contactez le gestionnaire rnr@cpepesc.org
- Pour le Gouffre des Granges Mathieu : interdit, hors exception applicable à la spéléologie. Pour la pratique de la spéléologie, un délai de 5 ans à compter de la date du classement, est fixé pour établir la compatibilité de cette pratique avec les enjeux de conservation des chauves-souris. En cas de pratique de loisir compatible, une dérogation du/de la Président.e du Conseil régional pourra être accordée. Cette dérogation fixera les dates et conditions de fréquentation spéléologique après avis du Conseil Scientifique régional du patrimoine naturel.
- Pour les autres cavités présentes sur le périmètre de la RNR : interdite
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- Surface officielle de la réserve
Les milieux
Il y a 3 milieux mentionnés dans le périmètre de la réserve naturelle des Grottes de Chenecey.
- Systèmes culturaux et parcellaires complexes (4,63 ha)
- Surfaces essentiellement agricoles, interrompues par des espaces naturels importants (3,05 ha)
- Tissu urbain discontinu (1,29 ha)




