La réserve naturelle de Saint-Barthélemy couvre 1200 ha de domaine marin, répartie en 5 zones : les Gros Îlets et Pain de sucre au large de Gustavia, les eaux environnant les îlets Fourchue, Frégate et Toc-Vers, une partie du nord-ouest de l'île autour de la baie de Colombier, dont Petite Anse qui se trouve en zone de protection renforcée, tout comme une partie majeure au nord-est.
Cet éclatement spatial rend la gestion et la surveillance plus difficile, mais permet de couvrir des environnements diversifiés et d'alterner des zones au régime de protection différent. La réserve naturelle protège des environnements sous-marins exceptionnels, tels que les herbiers et récifs coralliens. Ce sont les habitats de nombreuses espèces, notamment des espèces menacées.
On dénombre 183 espèces de poissons en zone de réserve avec une augmentation des effectifs et des nombres d'espèces. Parmi les espèces rares, on peut citer le mérou de Nassau, la raie aigle ou l'hippocampe à long nez. Deux espèces de tortues sont fréquentes, la tortue verte et la tortue imbriquée, mais on observe parfois des pontes de tortues luth. Parmi les mammifères marins, citons la baleine à bosse et le grand dauphin. Pour les coraux, Saint-Barthélemy est un des sites les plus riches des Antilles françaises avec 51 espèces. Ils servent de refuge et lieu d'alimentation pour une multitude d'animaux : éponges (60 espèces), gorgones (27 espèces), oursins, mollusques (200 espèces), crustacés, poissons Une cinquantaine d'algues différentes peuplent les fonds marins ainsi que 5 espèces de phanérogames dont l'herbe à tortue et l'herbe à lamatin. Quatorze espèces d'oiseaux marins nichent à Saint-Barthélemy dont la sterne bridée, la sterne fuligineuse et le noddi brun.
Sur terre, on rencontre quelques espèces de mammifères (chauves-souris principalement), des échassiers (hérons et aigrettes), des limicoles et quelques rapaces. Les colibris et les sucriers sont bien présents. Les reptiles comprennent la tortue charbonnière, les anolis, l'iguane des Petites Antilles, l'iguane commun, l'améive de Plée et les couresses, serpents inoffensifs. Quelques amphibiens sont également présents dont l'hylode de Martinique.
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- Surface officielle de la réserve
